検査では、家族や親戚に同じような病気の方がいないかを問診で聞いたり、性器に異常がないかなどからだの特徴を確認したりすることから始めます。また、血液検査でホルモンに異常がないかを調べたり、超音波検査で子宮や卵巣を観察したりします。
そのほか、必要に応じて染色体検査が行われることもあります。さらに、無月経のタイプを診断する目的で、女性ホルモンを投与して、生理が起こるかを調べたりする検査が行われることもあります。

原発性無月経では、その原因や重症度に応じた治療をします。一方、続発性無月経では、その原因そのものを取り除くことが優先されます。

たとえば無理なダイエットによる低体重（痩せすぎ）が原因であれば、バランスのとれた食生活にする食事指導が行われ、精神的なストレスによると思われる場合には、そのストレスをできる限り取り除くような生活指導やカウンセリングが行われます。そのうえで、妊娠を希望する場合には、ホルモン療法や排卵誘発法が検討されます。

ただし、無月経は不妊だけでなく、原因によっては将来的に骨粗鬆症（こつそしょうしょう）や子宮体がんになるリスクが高くなることが知られています。このため、たとえ妊娠を希望していなくても治療する必要があります。

日本では14歳までに女性の約98%に初経（初潮）が来るため、15歳になっても月経が来ないようであれば、一度婦人科で相談しましょう。また、これまであった生理が3ヵ月以上、止まっている場合にも婦人科を受診するようにしてください。