器質性月経困難症は痛みの原因である病気を特定し、その病気に合わせた治療が行われます。

機能性月経困難症には、痛みの原因物質となるプロスタグランジンが関係しているため、プロスタグランジンの産生を抑える痛み止め（非ステロイド系消炎鎮痛薬）を痛みが強くなる前から使用します。

また、排卵を抑え、子宮内膜を受精卵が着床しにくい状態に変化させる効果があるLEP（低用量エストロゲン・プロゲスチン配合薬）製剤を使用することもあります。
この薬剤は、卵胞ホルモン（エストロゲン）と黄体ホルモン（プロゲスチン）という2種類の女性ホルモンを配合した低用量ピルのことで、月経困難症と子宮内膜症の治療のみに保険適用が認められています。これを使用することで、プロスタグランジンの産生が減り、子宮の収縮が抑えられるため、生理痛が軽くなります。

なお、生理痛がひどい人は、将来、子宮内膜症になるリスクが高いとされていますが、早い段階からこのLEP製剤を服用することで、子宮内膜症の発症を予防する効果が期待できます。

また、プロゲスチン製剤も排卵抑制と内膜を厚くならないようにする効果で月経困難症の治療薬として保険適用があります。